ประเทศไทยเรามีธงราชนาวีมาตั้งแต่โบราณกาล ธงราชนาวีธงแรกที่มีขึ้นในประเทศไทยนั้น คือ ธงสีแดง และใช้เป็นเครื่องหมาย ของธงราชนาวีตลอดมา จนกระทั่งถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์

พ.ศ. 2325 พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช รัชกาลที่ 1 มีพระราชดำริว่า บรรดาเรือหลวงกับเรือราษฎร์ ควรมีเครื่องหมายสำคัญให้เห็นแตกต่างกัน เพื่อจะได้สังเกตว่าลำไหนเป็นเรือหลวง ลำไหนเป็นเรือราษฎร์ จึงมีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ สั่งให้เรือหลวงทั้งปวง ทำรูปจักรสีขาวไว้ตรงกลางพื้นสีแดง เป็นธงราชนาวี ซึ่งใช้เป็นธงประจำเรือหลวง ส่วนเรือราษฎร์นั้นยังคงใช้ธงพื้นสีแดง

พ.ศ. 2360 พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ 2 พระองค์ ทรงได้ช้างเผือกมาสู่ พระราชอาณาจักร ถึง 3 เชือก นับว่าเป็นพระเกียรติยศอย่างยิ่งของพระมหากษัตริย์ จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ทำรูปช้างสีขาว (ไม่ทรงเครื่อง) อยู่ในวงจักรสีขาวติดไว้ที่กลางธงแดง หมายความว่า พระเจ้าแผ่นดิน อันมีช้างเผือกเป็นธงราชนาวี ใช้เฉพาะเรือหลวงเท่านั้น

พ.ศ. 2398 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ทรงมี พระราชดำริให้เรือค้าขาย ของเอกชน ใช้ธงเหมือนอย่างเรือหลวง โดยทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เอารูปจักรออก (เพราะรูปจักร เป็นของสูง เป็นเครื่องหมายสำหรับพระเจ้าแผ่นดิน) คงเหลือแต่รูปช้างสีขาวอยู่บนพื้นธงสีแดง ให้ใช้ได้ทั่วไปทั้งเรือหลวงและเรือราษฎร์

พ.ศ. 2434 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ทรงพระกรุณา โปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติ ว่าด้วย แบบอย่างธงสยาม ร.ศ. 110 (พ.ศ. 2434) ขึ้นเป็นพระราชบัญญัติธงฉบับแรก (ได้ทำการเปลี่ยนแปลงแก้ไข รายละเอียดเกี่ยวกับลักษณะธงจากเดิมไปบ้าง) ได้เรียกชื่อธงราชนาวีใหม่ว่า“ธงช้างเผือก ทรงเครื่องยืนแท่น” ลักษณะของธงเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าสีแดงตรงกลางธง มีรูปช้างเผือก ทรงเครื่องยืนแท่น หันหน้าเข้าหาเสาและตรงมุมธงเบื้องบน ด้านซ้าย มีจักรสีขาว 1 จักร ธงนี้สำหรับใช้ชักที่ท้ายเรือพระที่นั่งและเรือรบหลวง

พ.ศ. 2440 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ทรงมีพระราชดำรัสให้เปลี่ยนแปลงแก้ไขพระราชบัญญัติธงฉบับแรกใหม่ และเรียกพระราชบัญญัติธงฉบับนี้ว่า “พระราชบัญญัติธงรัตนโกสินทร์ ศก 116” และเปลี่ยนชื่อธงจากชื่อ ธงช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น เป็น ธงเรือหลวง ลักษณะของธงยังเหมือนเดิม แต่ไม่มีจักรสีขาวที่มุมธงธงราชนาวี

พ.ศ. 2453 ได้เปลี่ยนแปลง ธงราชนาวี ไปจากเดิม คือ เปลี่ยนชื่อจาก ธงเรือหลวง เป็น ธงทหารเรือ และเปลี่ยนลักษณะ รูปร่างจากพื้นแดงตรงกลางมีรูปช้างเผือก ทรงเครื่องยืนแท่นเพิ่มเครื่องหมาย สมอไขว้ กับจักรภายใต้มหาพิชัยมงกุฎสีเหลือง ที่มุมธงข้างหน้าช้างสำหรับใช้ชักที่ท้ายเรือ และสถานที่ราชการต่างๆ เพื่อเป็นเครื่องแสดงว่าเรือและสถานที่นั้นๆ ขึ้นอยู่กับ กระทรวงทหารเรือ